Para mi, si tenes tiempo para capacitarte con gente calificada siempre es mejor la capitación presencial con refuerzo de una buena bibliografía. En su defecto si no tenes tiempo acudiría a una buena bibliografía. Para finalizar necesitar plasmar la teoría en ejercicios prácticos reales como para afianzar los conocimientos.
Mis recomendados para aplicaciones web son los siguientes.

Primero necesitas saber un poco de actionScript (lenguaje OOP para controlar las aplicaciones), mxml (lenguaje declarativo, unos de los features mas importantes de esta tecnologia) y la anatomía de FlashPlayer (RunTime para correr las aplicaciones en el cliente) y FlexBuilder (IDE de desarrollo basado en Eclipse). Para esto recomiendo:

http://www.amazon.com/Essential-ActionScript-3-0-Colin-Moock/dp/0596526946/ref=sr_1_5?ie=UTF8&s=books&qid=1245428833&sr=8-5

http://www.amazon.com/Programming-Flex-Comprehensive-Creating-Applications/dp/0596516215/ref=sr_1_24?ie=UTF8&s=books&qid=1245429041&sr=8-24

Cuando hayas asimilado esto, podes profundizar la arquitectura de las aplicaciones con los siguientes libros

http://www.amazon.com/Advanced-ActionScript-3-Design-Patterns/dp/0321426568/ref=sr_1_23?ie=UTF8&s=books&qid=1245428862&sr=8-23

y por último , los Cookbooks para repasar casos comunes

http://www.amazon.com/ActionScript-3-0-Cookbook-Application-Developers/dp/0596526954/ref=sr_1_14?ie=UTF8&s=books&qid=1245428833&sr=8-14

http://www.amazon.com/Flex-Cookbook-Code-Recipes-Developers-Developer/dp/0596529856/ref=sr_1_19?ie=UTF8&s=books&qid=1245429041&sr=8-19

Existe otro Runtime llamado Adobe Air para compilar aplicaciones utilizando los mismos conocimientos. Pero estos serian aplicaciones multiplataforma que corren en escritorios.